Структура
Главная
События
Администрация
Структура
Достижения
Сотрудники
Публикации
Популярно о науке
Конференция ICMBB
История
Файловый архив
Ссылки
Контакты

Лаборатория кристаллографии макромолекул



Данные заметки содержат обзор работ, выполненных в ЛКМ ИМПБ РАН. Информация об исследованиях других авторов по данной тематике может быть найдена в указанных ниже оригинальных статьях.

Определение структуры биологических макромолекул.

(1980-2002)

      Основная деятельность Лаборатории Кристаллографии Макромолекул РАН связана с математическими и вычислительными проблемами рентгеноструктурного исследования биологических макромолекул. Указанные ниже работы по определению структуры конкретных структур выполнялись в сотрудничестве с другими лабораториями, ведущими исследования этих объектов. Как правило, ЛКМ принимала участие в этих работах на этапах, где требовалось применение нестандартных подходов к решению возникающих проблем, не поддерживаемых стандартными кристаллографическими программами или методами. В разные годы ЛКМ вела работы в сотрудничестве с лабораториями, представляющими:

  • Институт Белка РАН, Пущино; [1-2, 4, 7, 9, 10]
  • Институт Биофизики РАН, Пущино; [5, 6]
  • Институт Кристаллографии РАН, Москва; [12, 18, 20-22]
  • Институт Биоорганической Химии РАН, Москва; [3]
  • Институт Молекулярной Генетики РАН, Москва. [8]
  • Институт Генетики и Молекулярной и клеточной биологии, Страсбург, Франция (Institut de Genetique et de Biologie Moleclaire et Cellulaire, Strasbourg, France); [13-17, 19];
  • Университет им.А.Пуанкаре Нанси I, Франция (Univrsité Henri Poincaré, Nancy I, Nancy, France); [23]
  • Медицинский Университет Фрайбург, Германия (Medezinische Universitätsklinik Freiburg; Freiburg, Germany); [23].

Тематика исследований видна из названий статей, приведенных ниже.

24 марта 2003
В.Ю.Лунин

Публикации

Полные тексты публикаций


  1. Чиргадзе Ю.Н., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Лунин В.Ю. (1980). "Определение структуры γ-кристаллина II из глазной линзы теленка с разрешением 5Å". Доклады АН СССР, 250, в.3, 762-765.

  2. Chirgadze, Yu.N., Oreshin, V.D., Sergeev, Yu.V., Nikonov, S.V. & Lunin, V.Yu. (1980). "Structure of gamma-crystallin IIIb from calf lens at 5Å resolution". FEBS Letters, 118, 2, 296-298.

  3. Кузин А.П., Уржумцев А.Г. (1983). "Уточнение кристаллической структуры актиноксантина при разрешении 1,8Å МНК в обратном пространстве". VI Всесоюзный симпозиум по химии белков и пептидов, Рига, ноябрь 1983, Тезисы докладов, 186.

  4. Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю. (1982). "Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. Улучшение набора фаз для γ-кристаллина IIIb". Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.

  5. Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю., Козлов М.А., Крайзман В.Л. (1984). "Исследование Ca2+-связывающих центров парвальбумина по дальней тонкой структуре рентгеновских спектров поглощения". Молекулярная биология, 18, в. 3, 681-684.

  6. Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю., Козлов М.А., Крайзман В.Л. (1985). "Исследование структуры металлсвязывающих центров кальмодулина методом EXAFS-спектроскопии". Молекулярная биология, 19, в.6, 1643-1647.

  7. Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Сергеев Ю.В., Бражников Е.В., Гарбер М.Б., Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г., Вернослова Е.А. (1986). "Пространственная структура гамма-кристаллина IIIb из хрусталика глаза теленка при разрешении 2,5Å". Доклады АН СССР, 290, 2, 492-495.

  8. Лобсанов Ю.Д., Плетнев В.З., Втюрин Н.Н., Лубнин М.Ю., Мокульский М.А., Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Лузянина Т.Б. (1990). "Рентгеноструктурные исследования комплекса лектина из гороха с углеводом при разрешении 2,4Å I. Атомная модель". Биоорганическая химия, 16, 12, 1589-1598.

  9. Чиргадзе Ю.Н., Бражников Е.В., Никонов С.В., Фоменкова Н.П., Гарбер М.Б., Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Чиргадзе Ю.Н., Некрасов Ю.В. (1991). "Кристаллическая структура рибосомного фактора G из бактерий Thermus Thermophilus при низком разрешении". Доклады АН СССР, 320, в.2, 488-491.

  10. Chirgadze, Yu.N., Nevskaya, N.A., Vernoslova, E.A., Nikonov, S.V., Sergeev, Yu.V., Brazhnikov, E.V., Fomenkova, N.P., Lunin, V.Yu. & Urzhumtsev, A.G. (1991). "Crystal structure of calf eye lens gamma-crystallin IIIb at 2.5Å resolution: its relation to function". Experimental Eye Research, 53, 295-304.

  11. Urzhumtsev, A.G. (1992). "On the reliability of atomic models in the PDB: stereochemical point of view". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallograph, 27, 31-32.

  12. Моргунова Е.Ю., Михайлов А.М., Уржумцев А.Г., Вайнштейн Б.К. (1992). "Строение капсида CMtV при разрешении 6Å в кристаллическом состоянии". Кристаллография, 37, 2, 396-404.

  13. Tete-Favier, F., Barth, P., Mitchler, A., Podjarny, A.D., Rondeau, J.-M., Urzhumtsev, A., Biellmann, J.-F. & Moras, D. (1995). "Aldose Reductase from Pig Lens". European Journal of Medicinal Chemistry, 30, S, 589-603.

  14. Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (1995). "On the problem of solvent modeling in macromolecular crystals using diffraction data: 1.The low-resolution range". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31, 12-16.

  15. Volkmann, N., Schlunzen, F., Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A., Podjarny, A.D., Roth, M., Pebay-Peyroula , E., Berkovitch-Yellin, Z., Zaytzev-Bashan, A. & Yonath, A. (1995). "On ab-initio phasing of ribosomal particles at very low resolution". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31, 23-32.

  16. Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A. & Podjarny, A.D. (1996). "Approaches to Very Low Resolution Phasing of the Ribosome 50S particle from Thermus thermophilus by the Few-Atoms-Models and Molecular-Replacement Methods". Acta Crys., D52,1092-1097.

  17. Urzhumtsev, A., Tete-Favier, F., Mitschler, A., Barbanton, J., Barth, P., Urzhumtseva, L., Biellmann, J-F., Podjarny, A.D. & Moras, D. (1997). "A 'specificity' pocket inferred from the crystal structures of the complexes of aldose reductase with the pharmaceutically important inhibitors tolrestat and sorbinil ". Structure, 5, 601-612.

  18. Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Shliapnikov, S.V., Blagova, E.V., Lunin, V.V., Wilson, K.S. & Mikhailov, A.M. (1997). "Three-dimensional structure of Serratia marcescens nuclease at 1.7Å resolution and mechanism of its action". FEBS Letters, 412, 217-222.

  19. Podjarny, A.D., Howard, E.I., Urzhumtsev, A.G. & Grigera, J.R. (1997). "A Multicopy Modeling of the Water Distribution in Macromolecular Crystals". Proteins, 28, 303-312.

  20. Лунин В.Ю., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.В., Шляпников С.В., Пербандт М., Райшанкар К.С., Бетзель Х., Михайлов А.М. (1999). "Внеклеточная эндонуклеаза Serratia marcescens. I. Пространственная структура белка в кристаллическом состоянии при разрешении 1.7Å". Молекулярная биология, 33, 2,214-222.

  21. Шляпников С.В., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.Ю., Лунин В.В., Михайлов А.М., Бетзель Х., Райшанкар К.С., Пербандт М., (1999). "Внеклеточная эндонуклеаза Serratia marcescens. II. Аминокислотные остатки активного центра и гипотетический механизм функционирования фермента". Молекулярная биология, 33, 454-461.

  22. Shlyapnikov, S.V., Lunin, V.V., Perbandt, M., Polyakov, K.M., Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Betzel, Ch.& Mikhailov, A.M.. (2000). "Atomic structure of the Serratia marcescens endonuclease at 1.1Å resolution and the enzyme reaction mechanism." Acta Cryst. D56, 567-572.

  23. Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Ritter, S., Frey, I., Berg, A., Diderichs, K., Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Baumstark M.W. (2001). "Low-resolution data analysis for low-density lipoprotein particle". Acta Cryst., D57, 108-121.
ИМПБ РАН © 1998-2024