|
|
|
Laboratory of Macromolecular Crystallography
Full texts of papers, theses, preprints published by the staff of LMC
2003 January 01
2002
- Afonine, P., Lunin, V.Y. & Urzhumtsev, A. (2002).
"Search of the optimal strategy for refinement of atomic models".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 40
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter40/00_contents.html
- Afonine, P., Pichon-Pesme, V., Muzet, N., Lecomte, C. & Urzhumtsev, A. (2002).
"Modelling of bond electrons by Gaussian scatters at subatomic resolution".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 41
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter41/00_contents.html
- Fokine, A. & Urzhumtsev, A.G. (2002).
"On the use of low resolution data for translation search in molecular replacement".
Acta Cryst., A58, 72-74.
- Fokine, A. & Urzhumtsev, A.G. (2002).
"Bulk solvent correction for yet unsolved structures".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 40.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter40/00_contents.html
- Fokine, A. & Urzhumtsev, A. (2002).
"Flat bulk solvent model: getting optimal parameters".
Acta Cryst., D58, 1387-1392.
- Lunin, V.Y., Afonine P.V. & Urzhumtsev, A.G. (2002).
"Likelihood-based refinement. I. Irremovable model errors".
Acta Cryst. A58, 270√282.
- Lunin, V.Y., Urzhumtsev, A. & Bockmayr, A. (2002).
"Direct phasing by binary integer programming".
Acta Cryst. A58, 283√291.
- Lunin, V.Y., Urzhumtsev, A. & Bockmayr, A. (2002).
"Direct phasing by Binary integer programming and its use for envelope determination".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 40_12.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter40/00_contents.html
- Lunina, N.L., Lunin, V.Y. & Podjarny, A.D. (2002).
"Retrieval of lost reflections in high resolution Fourier syntheses by a 'soft' solvent flattening".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 41_10.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter41/00_contents.html
- Urzhumtsev, A. & Urzhumtseva, L. (2002).
"Multiple rotation function".
Acta Cryst, D58,2066-2075
- Urzhumtseva, L. & Urzhumtsev, A. (2002).
"COMPANG: program for comparative analysis of rotation angles".
J. Appl.Cryst., 35, 644-647
- Urzhumtsev, A. & Urzhumtseva, L. (2002).
"SF2CNS: general purpose program to calculate CNS-formatted maps easily".
J. Appl. Cryst., 35, 750.
2001
- Afonine, P., Lunin, V.Y. & Urzhumtsev, A.G. (2001).
"Maximum-likelihood refinement of atomic models using least-squares criterion".
CCP4 Newsletter on protein crystallography, 39, 52-56.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter39/00_contents.html
- Fokine, A. & Urzhumtsev, A.G. (2001).
"Improvement of noisy maps by bulk solvent correction".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 39, 71-78
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter39/00_contents.html
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Ritter, S., Frey, I., Berg, A., Diderichs, K., Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Baumstark M.W. (2001).
"Low-resolution data analysis for low-density lipoprotein particle".
Acta Cryst., D57, 108-121.
- Lunin, V.Y., Podjarny, A.D. & Urzhumtsev, A. (2001).
"Low-resolution phasing in macromolecular crystallography".
In : Advances in Structure Analysis, CSCA, Prague, Czech Republic, R.Kuzel & J.Hasek, eds., 4-36.
- Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Uson, I. (2001).
"Ab-initio methods for structure determination".
In : Advances in Structure Analysis, CSCA, Prague, Czech Republic, R.Kuzel & J.Hasek, eds., 1-3
- Urzhumtsev, A.G. & Lunin, V.Y. (2001).
"Fast differentiation algorithm and efficient calculation of the exact matrix of second derivatives".
Acta Cryst.. A57, 451-460.
- Urzhumtsev, A.G. & Lunin, V.Y. (2001).
"Efficient calculation of the exact matrix of the second derivatives".
CCP4 Newsletter on protein crystallography, 39, 60-67.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter39/00_contents.html
- Urzhumtsev, A., Podjarny, A. & Lunin, V.Y. (2001).
"Ab initio phasing starting from low resolution". Invited article.
Euroconference on Phasing, 23-27 June 2001, Martina Franca, Italy, 4.35-4.40
- Urzhumtseva, L. & Urzhumtsev, A.G. (2001).
"Multiple rotation function".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 39, 79-85
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter39/00_contents.html
2000
- Петрова Т.Е. (2000).
"Использование принципа максимального правдоподобия при решении фазовой проблемы в кристаллографии макромолекул".
Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. Пущино.
- Петрова Т.Е. (2000).
"Использование принципа максимального правдоподобия при решении фазовой проблемы в кристаллографии макромолекул".
Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. ИТЭБ РАН, Пущино.
Часть 1.
Часть 2.
- Сковорода Т.П., Лунин В.Ю. (2000).
"Надежность показателей достоверности, вычисляемых на базе принципа максимума правдоподобия".
Кристаллография, 45, No.2, 227-230.
- Skovoroda, T.P. & Lunin, V.Yu. (2000).
"Reliability of Maximum Likelihood-Based Figures of Merit".
Crystallography Reports, 45, No. 2, 195-198.
- Brino, L., Urzhumtsev, A.G., Mousli, M., Mitschler, A., Bergdoll, M., Oudet, P. & Moras, D. (2000).
"Dimerization of Escherichia coli DNA-gyrase B provides a structural mechanism for activating the ATPase catalytic center".
J.Biol.Chem., 275, 9468-9475.
- Lunin, V.Y. (2000).
"Fixed-scale wavelet-type approximation of periodic density distributions".
Acta Cryst. A56, 73-84.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Skovoroda, T.P., Urzhumtsev A.G. & Podjarny A.D. (2000).
"Low-resolution ab initio phasing: problems and advances".
Acta Cryst. D56, 1223-1232.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L. & Urzhumtsev, A.G. (2000).
"Connectivity properties of high-density regions and ab initio phasing at low resolution".
Acta Cryst. A56, 375-382.
- Petrova, T.E., Lunin, V.Y. & Podjarny, A.D. (2000).
"Ab initio low-resolution phasing in crystallography of macromolecules by maximization of likelihood".
Acta Cryst. D56, 1245-1252.
- Shlyapnikov, S.V., Lunin, V.V., Perbandt, M., Polyakov, K.M., Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Betzel, Ch.& Mikhailov, A.M.. (2000).
"Atomic structure of the Serratia marcescens endonuclease at 1.1 A resolution and the enzyme reaction mechanism."
Acta Cryst. D56, 567-572.
- Urzhumtsev, A.G. (2000).
"Modelling of disordered solvent in macromolecular crystals".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 38, 38-49.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter38/00_contents.html
- Urzhumtsev, A.G., Lunina, N.L., Skovoroda, T.P., Podjarny, A.D. & Lunin, V.Y. (2000).
"Density constraints and low-resolution phasing".
Acta Cryst. D56, 1233-1244.
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (2000).
"Tcl/Tk based programs. IV. CALCRYS: crystallographic calculator".
J.Appl. Cryst., 33, 992-992
1999
- Лунин В.Ю., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.В., Шляпников С.В., Пербандт М., Райшанкар К.С., Бетзель Х., Михайлов А.М. (1999).
"Внеклеточная эндонуклеаза Serratia marcescens. I. Пространственная структура белка в кристаллическом состоянии при разрешении 1.7А".
Молекулярная биология, 33, 2, 214-222.
- Lunin, V.Yu., Blagova, E.V., Levdikov, V.M., Lunin, V.V., Shlyapnikov, S.V., Perbandt, M., Raishankar, K.S., Betzel, H. & Mikhailov, A.M. (1999).
"Extracellular Endonuclease of Serratia marcescens. I. Three-Dimensional Structure of Crystalline Protein at 1.7A Resolution".
Molecular Biology, 33, 2, 180-187.
- Петрова Т.Е., Лунин В.Ю., Лунина Н.Л., Сковорода Т.П. (1999).
"Выбор априорного распределения координат атомов для макромолекулярных структур на основании принципа максимума правдоподобия".
Биофизика, 44, 1, 22-26.
- Petrova, T.E., Lunin, V.Yu., Lunina, N.L. & Skovoroda, T.P. (1999).
"Maximum Likelihood Approach to Choosing a Prior Distribution of Atomic Coordinates in Macromolecular Structures".
Biophysics, 44, 1, 18-22.
- Шляпников С.В., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.Ю., Лунин В.В., Михайлов А.М., Бетзель Х., Райшанкар К.С., Пербандт М. (1999).
"Внеклеточная эндонуклеаза Serratia marcescens. II. Аминокислотные остатки активного центра и гипотетический механизм функционирования фермента".
Молекулярная биология, 33, 3, 454-461.
- Shlyapnikov, S.V., Blagova, E.V., Levdikov, V.M., Lunin, V.Yu., Lunin, V.V., Mikhailov, A.M., Betzel, Ch., Rajashankar, K.S. & Perbandt, M. (1999).
"The Extracellular Endonuclease of Serratia marcescens. II. Active Site Amino Acid Residues and a Hypothetical Mechabism of Enzyme Functioning".
Molecular Biology, 33, 3, 398-404.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L. & Urzhumtsev A.G. (1999).
"Seminvariant density decomposition and connectivity analysis and their application to very low resolution macromolecular phasing".
Acta Cryst. A55, 916-925.
- Lunin, V.Y. & Urzhumtsev, A.G. (1999).
"Maximal Likelihood Refinement. It works, but why?".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 37, 14-28.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter37/00_contents.html
- Petrova, T.E., Lunin V.Y. & Podjarny, A.D. (1999).
"A likelihood-based search for the macromolecular position in the crystalline unit cell".
Acta Cryst. A55, 739-745.
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (1999).
"Tcl/Tk based programs. III. CRITXPL: graphical analysis of the X-PLOR refinement log-files".
J.Appl. Cryst., 32, 376-377
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (1999).
"Tcl/tk based programs : crystallographic calculator".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 37, 5-6.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter37/00_contents.html
1998
- Лунина Н.Л. (1998).
"Вычислительные подходы к решению фазовой проблемы кристаллографии биополимеров при низком разрешении".
Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. ОНТИ ПНЦ РАН, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1998).
"Вычислительные подходы к решению фазовой проблемы кристаллографии биополимеров при низком разрешении".
Диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук. ИТЭБ РАН, Пущино.
- Lunin, V.Yu., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Urzhumtsev, A.G. & Podjarny A.D. (1998).
"On the Ab initio solution of the Phase Problem for Macromolecules at Very Low Resolution. II. Generalized Likelihood Based Approach to Cluster Discrimination".
Acta Cryst. D54, 726-734.
- Urzhumtsev, A.G., Podjarny, A.D. & Lunin V.Y. (1998).
"On density modification at very low resolution".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 35, 25-33.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter35/contents.html
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (1998).
"Programs Tcl/Tk based crystallographic software : current state and new programs".
CCP4 Newsletter on Protein Crystallography, 35, 22-24
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter35/contents.html
1997
- Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Shliapnikov, S.V., Blagova, E.V., Lunin V.V., Wilson K.S. & Mikhailov A.M. (1997).
"Three-dimensional structure of Serratia marcescens nuclease at 1.7 Ǻ resolution and mechanism of its action".
FEBS Letters, 412, 217-222.
- Lunin, V.Y. (1997).
"The likelihood based choice of priors in statistical approaches to the phase problem".
In Direct Methods for Solving Macromolecular Structures, ed. S.Fortier, NATO ASI Series C, Vol.507, 451-454.
- Podjarny A.D., Howard E.I., Urzhumtsev A.G. & Grigera J.R. (1997).
"A Multicopy Modeling of the Water Distribution in Macromolecular Crystals".
Proteins, 28, 303-312.
- Podjarny, A.D. &Urzhumtsev, A.G. (1997).
"Low resolution phasing".
In Methods in Enzymology, Academic Press, San Diego., C.W.Carter, Jr., R.M.Sweet, eds. 276A, 641-658.
- Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A.G. & Lunin, V.Y. (1997).
"Model based low resolution phasing".
In Direct Methods for Solving Macromolecular Structures, ed. S.Fortier, NATO ASI Series C, Vol.507, 421-431.
- Urzhumtsev, A.G. (1997).
"Local improvement of electron density maps".
Acta Cryst., D53, 540-543.
- Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu. & Podjarny, A.D. (1997).
"Low resolution crystallographic images".
In Recent Advances in Phasing, Ed. By K.S.W.Wilson, G.Davies, A.W.Ashton & S.Bailey, Proceedings of the CCP4 Study Weekend, University of York, 3-4 January, 1997, 207-214.
- Urzhumtsev, A., Tête-Favier, F., Mitschler, A., Barbanton, J., Barth, P., Urzhumtseva, L., Biellmann, J-F., Podjarny, A.D. & Moras, D. (1997).
"A 'specificity' pocket inferred from the crystal structures of the complexes of aldose reductase with the pharmaceutically important inhibitors tolrestat and sorbinil".
Structure, 5, 5, 601-612.
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (1997).
"Tcl/Tk-based programs. II. CONVROT: a program to recalculate different rotation descriptions".
J. Appl. Cryst., 30, 402-410.
1996
- Вернослова Е.А. (1996).
"Разработка и применение программного обеспечения для задач белковой кристаллографии".
Автореферат диссертации на соискание ученой степени к.ф.-м.н., ОНТИ ПНЦ РАН, Пущино.
- Вернослова Е.А. (1996).
"Разработка и применение программного обеспечения для задач белковой кристаллографии".
Диссертация на соискание ученой степени к.ф.-м.н., Институт Кристаллографии РАН, Москва.
Часть 1.
Часть 2.
Часть 3.
- Lunin, V.Yu. & Lunina, N.L. (1996).
"The Map Correlation Coefficient for Optimally Superposed Maps".
Acta Cryst. A52, 365-368.
- Podjarny, A.D., Rees, B. & Urzhumtsev,A.G. (1996).
"Density modification in X-ray crystallography".
In Methods in Molecular Biology, "Crystallographic Methods and Protocols ", ed. C.Jones, B.Milloy, M.R.Sanderson, Totowa, New Jersey: Humana Press, 205-226.
- Urzhumtsev, A.G. (1996).
"Density growing: a method for local improvement of electron density maps".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 32b, 36-39.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter/contents.html
- Urzhumtsev A.G. (1996).
"Relations between some rotation descriptions for molecular replacement procedure".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 32b, 43-46.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter/contents.html
- Urzhumtsev, A. (1996).
"Developpement de methodes et logiciels pour la determination de structures macromoleculaires par radiocristallographie. Applications e differents projets".
Synthese d'activité scientifique, Strasbourg, 1996.
- Urzhumtsev A.G., Skovoroda T.P. &Lunin V.Yu. (1996).
"A procedure compatible with X-PLOR for the calculation of electron-density maps weighted using an R-free-likelihood-based approach".
J.Appl.Cryst., 29, 741-744.
- Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A. & Podjarny, A.D. (1996).
"Approaches to Very Low Resolution Phasing of the Ribosome 50S particle from Thermus thermophilus by the Few-Atoms-Models and Molecular-Replacement Methods".
Acta Cryst., D52,1092-1097.
- Urzhumtseva L.M. & Urzhumtsev A.G. (1996).
"Tcl/Tk-based programs. I. CONFOR - user-friendly converter for crystallographic data files".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 32b, 40-42.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletter/contents.html
1995
- Ivanov, M.E. & Urzhumtsev, A.G. (1995).
"FROG PC - a menu-based environment for atomic model refinement program on a personal computer".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31, 20-22.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
- Lunin, V.Yu., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Vernoslova, E.A., Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (1995).
"On the ab-initio Solution of the Phase Problem for Macromolecules at Very Low Resolution: the Few Atoms Model Method".
Acta Cryst., D51, 896-903.
- Lunin, V.Yu. & Skovoroda, T.P. (1995).
"R-free Likelihood-Based Estimates of Errors for Phases Calculated from Atomic Models".
Acta Cryst. A51, 880-887.
- Navaza, J. & Vernoslova, E. (1995).
"On the Fast Translation Functions for Molecular Replacement".
Acta Cryst. A51, 445-449.
- Tete-Favier, F., Barth, P., Mitchler, A., Podjarny, A.D., Rondeau, J.-M., Urzhumtsev, A., Biellmann, J.-F. & Moras, D. (1995).
"Aldose Reductase from Pig Lens".
European Journal of Medicinal Chemistry, 30, S, 589-603.
- Urzhumtsev A.G. & Podjarny A.D. (1995).
"On the Solution of the Molecular Replacement Problem at Very Low Resolution: Application to Large Complexes".
Acta Cryst., D51, 888-895.
- Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (1995).
"On the problem of solvent modeling in macromolecular crystals using diffraction data: 1.The low-resolution range".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31, 12-16.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
- Volkmann, N., Schlünzen, F., Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A., Podjarny, A.D., Roth, M., Pebay-Peyroula , E., Berkovitch-Yellin, Z., Zaytzev-Bashan, A. & Yonath, A. (1995).
"On ab-initio phasing of ribosomal particles at very low resolution".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31, 23-32.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
1994
- Лунин В.Ю. (1994).
"Математический аппарат рентгеноструктурного анализа макромолекул".
Цикл лекций для магистрантов кафедры прикладной математики Пущинского государственного университета. Рукопись.
- Lunin, V.Yu., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Vernoslova, E.A., Urzhumtsev, A.G., Podjarny, A.D. (1994).
"On the ab-initio solution of the phase problem for macromolecules at very low resolution. The Few Atoms Model method".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 30, 37-44.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
- Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A.G. & Navaza, J. (1994).
"On the solution of the molecular replacement problem at very low resolution: application to a ribosome model crystal".
ACA Transactions, 30, 109-120.
- Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (1994).
"Programs for translation searches with two independent models simultaneously".
J.Appl.Cryst., 27, 122-124.
- Urzhumtsev, A.G., Podjarny & A.D., Navaza, J. (1994).
"On the solution of the molecular replacement problem at very low resolution".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 30, 29-36
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
- Urzhumtseva, L.M. & Urzhumtsev, A.G. (1994).
"Published methods in crystallography. Reference database on personal computers".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 30, 45-47.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
- Vernoslova, E.A. & Urzhumtsev, A.G. (1994).
"Current development in the program package FROG for atomic model refinement".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 30, 27-28.
http://www.ccp4.ac.uk/newsletters.html
1993
- Лунина Н.Л. (1993).
"Учебные компьютерные программы по генетике".
"Биология в школе", 5, 49-52.
- Lunin, V.Yu. (1993).
"Electron-Density Histograms and the Phase Problem".
Acta Cryst. D49, 90-99.
- Lunin, V.Yu. & Woolfson, M.M. (1993).
"Mean Phase Error and the Map Correlation Coefficient".
Acta Cryst. D49, 530-533.
- Vernoslova, E.A. & Lunin, V.Yu. (1993).
"The FROG PC series: programs for electron-density and model investigation for proteins".
J. Appl. Cryst., 26, 291-294.
1992
- Лунин В.Ю. (1992).
"Использование статистических характеристик синтезов Фурье электронной плотности для решения фазовой проблемы в кристаллографии белка".
Автореферат диссертации на соискание ученой степени д.ф.-м.н, ОНТИ ПНЦ РАН, Пущино.
- Лунин В.Ю. (1992).
"Использование статистических характеристик синтезов Фурье электронной плотности для решения фазовой проблемы в кристаллографии белка".
Диссертация на соискание ученой степени д.ф.-м.н, ИК РАН, Москва.
Часть 1.
Часть 2.
Часть 3.
- Лунина Н.Л.. (1992).
"Краткое описание пакета учебных программ "Биология в школе".
"Информатика и образование", 5 , 104-105.
- Моргунова Е.Ю., Михайлов А.М., Уржумцев А.Г., Вайнштейн Б.К. (1992).
"Строение капсида CMtV при разрешении 6А в кристаллическом состоянии".
Кристаллография, 37, 2, 396-404.
- Lunina, N.L. (1992).
"The package of educational programs "BIOLOGY".
Software, Pushchino Research Centre, Pushchino, Russia.
- Urzhumtsev, A.G. (1992).
"On the reliability of atomic models in the PDB: stereochemical point of view".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 27, 31-32.
- Vernoslova, E. (1992).
"FFT Discrete Three-Dimensional Fourier transform".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 27, 36.
- Vernoslova, E. & Lunin, V. (1992).
"FAN Scalar Field Analysis".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 27, 35.
- Vernoslova, E. & Lunin, V. (1992).
"CAN Comparative Analysis of three-dimensional Functions".
Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 27, 37.
1991
- Чиргадзе Ю.Н., Бражников Е.В., Никонов С.В., Фоменкова Н.П., Гарбер М.Б., Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Чиргадзе Ю.Н., Некрасов Ю.В. (1991).
"Кристаллическая структура рибосомного фактора G из бактерий Thermus Thermophilus при низком разрешении".
Доклады АН СССР, т.320, в.2, 488-491.
- Chirgadze, Yu.N., Nevskaya, N.A., Vernoslova, E.A., Nikonov, S.V., Sergeev, Yu.V., Brazhnikov, E.V., Fomenkova, N.P., Lunin, V.Yu. & Urzhumtsev, A.G. (1991).
"Crystal structure of calf eye lens gamma-crystallin IIIb at 2.5A resolution: its relation to function".
Experimental Eye Research, 53, 295-304.
- Lunin, V.Yu. (1991).
"Use of the electron-density-syntheses histograms or solving of the phase problem in protein crystallography".
Preprint, Pushchino Research Center, Pushchino, Russia.
- Lunin, V.Yu. & Skovoroda,T.P. (1991).
"Frequency-Restrained Structure Factor Refinement. I. Histogram Simulation".
Acta Cryst. A47, 45-52.
- Lunin, V.Yu. & Vernoslova, E.A. (1991).
"Frequency-Restrained Structure Factor Refinement. II. Comparison of Methods".
Acta Cryst. A47, 238-243.
- Urzhumtsev, A.G. (1991).
"How to calculate planarity restraints".
Acta Cryst., A47, 723-727.
- Urzhumtsev, A.G. (1991).
"Low-resolution phases: influence on SIR-syntheses and retrieval with double-step filtration".
Acta Cryst., A47, 794-801.
1990
- Лунина Н.Л. (1990).
"Учебные программы по биологии. Генетика".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ. НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1990).
"Компьютеры в обучении: цель и средство".
Седьмой семинар "Проблемы информатики и ее применения в управлении, обучении и научных исследованиях". Гелечица'88.
Сборник докладов. Университетское издание им. св. " Климента Охридского", София, 167-168.
- Лобсанов Ю.Д., Плетнев В.З., Втюрин Н.Н., Лубнин М.Ю., Мокульский М.А., Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Лузянина Т.Б. (1990).
"Рентгеноструктурные исследования комплекса лектина из гороха с углеводом при разрешении 2,4А. I. Атомная модель".
Биоорганическая химия, 16, 12б 1589-1598.
- Lunin, V.Yu., Urzhumtsev, A.G. & Skovoroda, T.A. (1990).
"Direct low-resolution phasing from electron-density histograms in protein crystallography".
Acta Cryst., A46, 540-544.
- Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu. & Vernoslova, E.A. (1990).
"New refinement program FROG gives new possibilities to study macromolecular models".
Proc.of the First Intern. Meeting on Structure and Chemistry of Ribonucleases, Moscow, USSR, December 1989, 410-415.
1989
- Лунина Н.Л.. (1989).
"Факультативный курс программирования. Основные понятия".
Методические рекомендации, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л.. (1989).
"Факультативный курс программирования. Бэйсик".
Методические рекомендации, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л.. (1989).
"Факультативный курс программирования. Паскаль".
Методические рекомендации, НЦБИ АН СССР. Пущино.
- Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Вернослова Е.А. (1989).
"FROG - комплекс программ для локального уточнения атомной структуры макромолекул".
В сб. "Компьютерные методы белковой инженерии", Программное обеспечение ЭВМ, Институт математики, Институт биоорганической химии АН БССР, 86, 86-97, Минск.
- Lunin, V.Yu. (1989).
"The Calculation of the Second Moments for the Values of Fourier Syntheses with Random Structure Factors".
Acta Cryst. A45, 501-505.
- Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu. & Luzyanina, T.B. (1989).
"Bounding a Molecule in a Noisy Synthesis".
Acta Cryst., A45, 34-39.
- Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu. & Vernoslova, E.A. (1989).
"FROG - high-speed restraint-constraint refinement program for macromolecular structure".
J. Appl. Cryst., 22, 500-506.
1988
- Лунин В.Ю. (1988).
"Восстановление недостающих структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул".
Доклады АН СССР, т.299, в.2, 363-366.
- Лунина Н.Л. (1988).
"Компьютерная поддержка курса биологии".
Биология в школе, 5, 57-59.
- Лунина Н.Л. (1988).
"Пакет учебных программ по английскому языку".
Иностранные языки в школе, 3, 36-38.
- Лунина Н.Л. (1988).
"Учебные программы по биологии. Биосинтез белка".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1988).
"Курс алгоритмического языка BASIC для ЭВМ YAMAHA".
Методические рекомендации, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л (1988).
"Пакет программ LEARN ENGLISH".
Информатика и образование, 5, 72-74.
- Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Вернослова Е.А. (1988).
"Комплекс программ FROG".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, ФОРТРАН, 10, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Lunin, V.Yu. (1988).
"Use of Information on Electron Density Distribution in Macromolecules".
Acta Cryst, A44, 144-150.
1987
- Лунина Н.Л. (1987).
"Что могут школьники".
Информатика и образование, 6, 72-73.
- Лунина Н.Л. (1987).
"Курс алгоритмического языка BASIC для ЭВМ YAMAHA".
Методические рекомендации, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1987).
"Пакет учебных программ-тренажеров по английскому языку".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, НЦБИ АН СССР, Пущино.
1986
- Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Сергеев Ю.В., Бражников Е.В., Гарбер М.Б., Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г., Вернослова Е.А. (1986).
"Пространственная структура гамма-кристаллина IIIb из хрусталика глаза теленка при разрешении 2,5Ǻ".
Доклады АН СССР, 290, 2, 492-495.
- Лунин В.Ю. (1986).
"Использование информации о распределении значений электронной плотности в белках. I. Восстановление недостающих структурных факторов"
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1086).
"Обучение школьников программированию".
Методические рекомендации, ОНТИ НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Urzhumtsev, A.G., Lunin, V.Yu. & Luzyanina, T.B. (1986).
"Macromolecular position determination with a noisy synthesis at low resolution".
Xth European Cryst. Meeting, Wroclaw, Poland, Coll.Abstr., 1A-01, 51-52.
1985
- Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю., Козлов М.А., Крайзман В.Л. (1985).
"Исследование структуры металлосвязывающих центров кальмодулина методом EXAFS-спектроскопии".
Молекулярная биология, т.19, в.6, 1643-1647.
- Уржумцев А.Г. (1985).
"Использование локального усреднения при анализе изображения макромолекул на картах распределения электронной плотности".
Препринт, НЦБИ, Пущино.
- Уржумцев А.Г. (1985).
"Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул".
Автореферат диссертации на соискание ученой степени к.ф.-м.н, Институт Кристаллографии АН СССР, Москва.
- Уржумцев А.Г. (1985).
"Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул".
Диссертация на соискание ученой степени к.ф.-м.н, Институт Кристаллографии АН СССР, Москва.
Часть 1.
Часть 2.
Часть 3.
- Lunin, V.Yu. (1985).
"Use of the Fast Differentiation Algorithm for Phase Refinement in Protein Crystallography".
Acta Cryst. A41, 551-556.
- Lunin, V.Yu. & Urzhumtsev, A.G. (1985).
"Program construction for macromolecule atomic model refinement based on the fast Fourier transform and fast differentiation algorithms".
Acta Cryst., A41, 327-333.
- Lunin, V.Yu., Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A., Chirgadze, Yu.N., Nevskaya, N.A. & Fomenkova, N.P. (1985).
"Phase Improvement in Protein Crystallography Using a Mixed Electron Density Model".
Acta Cryst., A41, 166-171.
1984
- Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю., Козлов М.А., Крайзман В.Л. & (1984).
"Исследование Ca2+-связывающих центров парвальбумина по дальней тонкой структуре рентгеновских спектров поглощения".
Молекулярная биология, т. 18, в. 3, 681-684.
- Лунин В.Ю. (1984).
"Использование алгоритма быстрого дифференцирования в задаче уточнения значений фаз структурных факторов".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г., Вернослова Е.А., Чиргадзе Ю.Н., Фоменкова Н.П., Невская Н.А. (1984).
"Использование смешанной модели электронной плотности для улучшения набора фаз в белковой кристаллографии".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунина Н.Л. (1984).
"Система обработки нуклеотидных последовательностей HEID".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Lunin, V.Yu. & Urzhumtsev, A.G. (1984).
"Improvement of Protein Phases by Coarse Model Modification".
Acta Cryst., A40, 269-277.
1983
- Гаджиев А.М., Матюшин А.М., Вазина А.А., Ясенев М.Я., Шувалов Б.Н., Лунин В.Ю. (1983).
"Программное обеспечение метода скоростной рентгеновской дифрaктометрии с высоким временным разрешением".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Кузин А.П., Уржумцев А.Г. (1983).
"Уточнение кристаллической структуры актиноксантина при разрешении 1,8А МНК в обратном пространстве".
Всесоюзный симпозиум по химии белков и пептидов, Рига, ноябрь 1983, Тезисы докладов, 186.
- Лунин В.Ю. (1983).
"Рентгеноструктурный анализ белков. Проблемы расшифровки структуры".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г. (1983).
"Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. I. Численные эксперименты".
Кристаллография, 28, в.2, 310-315.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г. (1983).
"Конструирование программ для уточнения атомной структуры макромолекул на базе алгоритмов быстрого преобразования Фурье и быстрого дифференцирования".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
1982
- Вернослов С.Е., Лунин В.Ю. (1982).
"Некоторые алгоритмические вопросы обработки EXAFS-спектров".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунин В.Ю. (1982).
"Оптимизация расчета структурных факторов в кристаллографии белка".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунин В.Ю. (1982).
"Использование метода максимального правдоподобия для оценки ошибок при определении фаз в кристаллографии белка".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю. (1982).
"Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. Улучшение набора фаз для γ-кристаллина IIIb".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
1981
- Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г. (1981).
"Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. I. Описание метода".
Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
1980
- Чиргадзе Ю.Н., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Лунин В.Ю. (1980).
"Определение структуры g-кристаллина II из глазной линзы теленка с разрешением 5Ǻ".
Доклады АН СССР, 250, в.3, 762-765.
- Chirgadze, Yu.N., Oreshin, V.D., Sergeev, Yu.V., Nikonov, S.V. & Lunin, V.Yu. (1980).
"Structure of gamma-crystallin IIIb from calf lens at 5A resolution".
FEBS Letters, 118, 2, 296-298.
1979
- Лунин В.Ю. (1979).
"Комплекс программ Быстрое преобразование Фурье".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, ФОРТРАН, 3, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Лунин В.Ю. (1979).
"Фазовая программа Тен Эйка".
Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, ФОРТРАН, 4, НЦБИ АН СССР, Пущино.
1978
1977
- Лунин В.Ю. (1977).
"О финитности пограничного слоя в решениях некоторых классов задач, содержащих малый параметр".
Успехи Матем.Наук, XXXII, 1(193), 171-172.
- Лунин В.Ю. (1977).
"О равномерном приближении главным членом асимптотики решения первой краевой задачи для одного класса квазилинейных эллиптических уравнений".
Вестник МГУ, Математика, Механика, 3, 46-57.
1976
- Лунин В.Ю. (1976).
"Об асимптотике решения первой краевой задачи для квазилинейных эллиптических уравнений второго порядка".
Вестник МГУ, Математика, Механика, 3, 43-51.
- Лунин В.Ю. (1976).
"Построение главного члена асимптотики решения первой краевой задачи для одного класса квазилинейных эллиптических уравнений".
Вестник МГУ, Математика, Механика, 5, 81-87.
- Лунин В.Ю. (1976).
"Об асимптотике решения первой краевой задачи для квазилинейного эллиптического уравнения с малым параметром".
Автореферат диссертация на соискание ученой степени кадидата ф.-м.н., МГУ, Москва.
- Лунин В.Ю. (1976).
"Об асимптотике решения первой краевой задачи для квазилинейного эллиптического уравнения с малым параметром".
Диссертация на соискание ученой степени кадидата ф.-м.н., МГУ, Москва.
1975
1974
- Лунин В.Ю. (1974).
"Оценки решений абстрактных параболических уравнений".
Успехи Матем.Наук, т.XXIX, 3(177), 213-214.
1973
- Лунин В.Ю. (1973).
"Оценки решений абстрактных параболических уравнений с нелинейными возмущениями".
Вестник МГУ, Математика, Механика, 6, 56-63.
|
|
|
|
|
|
|