Лаборатория молекулярной динамики
Основные направления исследований:
Структура и динамика белков и олигопептидов
В лаборатории проводятся исследования по изучению роли динамики белков на процессы электронного транспорта [1]. К числу белков, принимающих участие в окислительно-восстановительных реакциях, относятся ферредоксины. Нами было проведено сравнение характеристик бактериального белка ферредоксина
из Peptococcus aerogenes в окисленном и восстановленном состояниях и процесс его релаксации при смене
зарядового состояния белка.
Одним из интереснейших явлений, наблюдавшемся в вычислительных экспериментах, была неоднозначность поведения белка при его восстановлении в разные моменты времени. Два отрицательно заряженных железо-серных кластера, входящих в состав макромолекулы белка, при восстановлении как правило переходят в новое состояние, в котором расстояние между ними возрастает. Однако, в численных экспериментах наблюдался также случай, когда новому, отрелаксированному
состоянию, отвечало более близкое расположение кластеров.
1. Н.К. Балабаев, А.С. Лемак, К.В. Шайтан. Молекулярная динамика и электронно-конформационные взаимодействия в ферредоксине. Молекуляр. биология, 1996, 30, с.1348-1356.
Ферредоксин
|
