Лаборатория кристаллографии макромолекул
Программы для ab-initio определения фаз низкого разрешения в
макромолекулярной кристаллографии
Ab-initio - предполагается,
что единственная доступная экспериментальная информация - модули
структурных факторов Fobs(s),
измеряемые в обычном рентгеновским эсперименте с нативным объектом.
Внимание. В настоящей версии предполагается, что
ВСЕ низкоугловые модули (за исключением погасающих рефлексов) измерены и
присутствуют во входном файле.
Низкое
разрешение - целью этого этапа определения
структуры является определение фаз нескольких десятков низкоуговых
рефлексов. Реальные границы разрешения зависят от параметров
элементарной ячейки.
Стартовые фазы
- по ходу решения фазовой проблемы появляется некоторая
информация о предпочтительных значениях фаз структурных факторов. Эта
информация на последующем шаге работы называется "стартовыми фазами" и используется при генерации
фаз. Она может отсутствовать на первом шаге определения фаз.
Эталонные фазы
- эта информация может отсутствовать на любом шаге. Она НИКОГДА не
используется для определения фаз. Если она присутствует, то используется
для выбора предпочтительтного начала координа и/или энантиоморфа
и позволяет вычислять некоторые статистику. Фазы, полученные каким-либо
альтернативным образом, могут быть объявлена как эталонные, чтобы сделать
сравнение с ними более простым.
Пакеты программ
- Пакет GENMEM - пакет программ
для ab-initio определения фаз низкого разрешении, на основе
анализа связности синтезов Фурье.
Дополнительная информация об ab-initio решении фазовой проблемы
Основные публикации
Полные тексты статей
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Skovoroda, T.P., Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (2000). "Low-resolution ab initio phasing: problems and advances". Acta Cryst. D56, 1223-1232.
- Lunin V.Y., Lunina N., Podjarny A., Bockmayr A. & Urzhumtsev A. "Ab initio phasing starting from low resolution". Z.Kristallogr. (2002). 217, 668-685.
|
