Структура

Лаборатория кристаллографии макромолекул



Пакет программ GENMEM

Программы

Программа GENMEM используется для генерации случайных наборов фаз, отбора тех из них, что приводят к синтезам с заданными свойствами связности, и для создания выходного списка отобранных фазовых наборов.

  • genmem_r.pdf - описание пргограммы GENMEM в формате PDF;
  • genmem.exe - выполнимый модуль (для Windows);
  • genmem.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
  • genmem.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы GENMEM; имя этого файла фиксировано в программе.

Программа AVERAGE используется для обработки выходных данных программы GENMEM. Она производит выравнивание всех отобранных фазовых наборов и их усреднение. Выходными данными программы являются список "наилучших" фаз и соответствующие показатели достоверности.

  • averag_r.pdf - описание программы AVERAGE в формате PDF;
  • average.exe - выполнимый модуль (для Windows);
  • average.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
  • average.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы AVERAGE; имя этого файла фиксировано в программе.

Программа CONAN может быть использована для анализа свойств связности любого синтеза Фурье. На вход подаются модули и фазы структурных факторов и показатели достоверности фаз (веса). достоверности.

  • conan.exe - выполнимый модуль (для Windows);
  • conan.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
  • conan.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы CONAN; имя этого файла фиксировано в программе.

Вспомогательная программа LEVEL позволяет найти соответствие между относительным и удельным объемами, определяющими выбор уровня срезки при анализе связности.

  • level.exe - выполнимый модуль (для Windows);
  • level.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
  • level.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы LEVEL; имя этого файла фиксировано в программе.

Файл fam.itc содержит информацию о пространственной группе в формате, используемом программами пакета GENMEM. Любые блоки смогут быть добавлены к этому файлу (например, в случае нестандартной установки осей), либо удалены при необходимости.

Скачать программы (версия от 29 мая 2012)



Предпоследняя версия программ



Решение фазовой проблемы на основе анализа связности

Полные тексты статей
  • Lunin, V.Y., Lunina, N.L. & Urzhumtsev, A.G. (2000). "Connectivity properties of high-density regions and ab initio phasing at low resolution". Acta Cryst., A56, 375-382.
  • Lunina N., Lunin V.Y. & Urzhumtsev A. (2003). "Connectivity-based ab-initio phasing: from low resolution to a secondary structure". Acta Cryst. D59, 1702-1715.
  • Fokine A., Lunina N., Lunin V. & Urzhumtsev A. (2003). "Connectivity-based ab-initio phasing at different solvent levels" . Acta Cryst. D59, 850-858.
  • Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Ritter, S., Frey, I., Berg, A., Diderichs, K., Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Baumstark M.W. (2001). "Low-resolution data analysis for low-density lipoprotein particle". Acta Cryst., D57, 108-121.
  • A. Fokine A., Morales R., Contreras-Martel C., Carpentier P., Renault F., Rochu D. & Chabriere E. (2003). "Direct phasing at low resolution of a protein copurified with human paraoxonase (PON1)". Acta Cryst. D59, 2083-2087.
  • Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Skovoroda, T.P., Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (2000). "Low-resolution ab initio phasing: problems and advances". Acta Cryst. D56, 1223-1232.
  • Lunin V.Y., Lunina N., Podjarny A., Bockmayr A. & Urzhumtsev A. "Ab initio phasing starting from low resolution". Z.Kristallogr. (2002). 217, 668-685.
  • Urzhumtsev, A.G., Lunina, N.L., Skovoroda, T.P., Podjarny, A.D. & Lunin, V.Y. (2000). "Density constraints and low-resolution phasing". Acta Cryst., D56, 1233-1244.