Лаборатория кристаллографии макромолекул
Пакет программ GENMEM
Программы
Программа GENMEM используется для генерации случайных наборов фаз,
отбора тех из них, что приводят к синтезам с заданными свойствами
связности, и для создания выходного списка отобранных фазовых наборов.
- genmem_r.pdf - описание пргограммы GENMEM в формате PDF;
- genmem.exe - выполнимый модуль (для Windows);
- genmem.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
- genmem.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы GENMEM; имя этого файла фиксировано в программе.
Программа AVERAGE используется для обработки выходных данных программы
GENMEM. Она производит выравнивание всех отобранных фазовых наборов и их
усреднение. Выходными данными программы являются список "наилучших" фаз
и соответствующие показатели достоверности.
- averag_r.pdf - описание программы AVERAGE в формате PDF;
- average.exe - выполнимый модуль (для Windows);
- average.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
- average.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы AVERAGE; имя этого файла фиксировано в программе.
Программа CONAN может быть использована для анализа свойств связности
любого синтеза Фурье. На вход подаются модули и фазы структурных факторов и показатели достоверности фаз (веса).
достоверности.
- conan.exe - выполнимый модуль (для Windows);
- conan.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
- conan.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы CONAN; имя этого файла фиксировано в программе.
Вспомогательная программа LEVEL позволяет найти соответствие между
относительным и удельным объемами, определяющими выбор уровня срезки
при анализе связности.
- level.exe - выполнимый модуль (для Windows);
- level.for - исходный текст программы на языке FORTRAN;
- level.dat - файл с примером управляющих данных ("script") для программы LEVEL; имя этого файла фиксировано в программе.
Файл fam.itc содержит информацию о пространственной группе в формате,
используемом программами пакета GENMEM. Любые блоки смогут быть
добавлены к этому файлу (например, в случае нестандартной установки
осей), либо удалены при необходимости.
Скачать программы (версия от 29 мая 2012)
Предпоследняя версия программ
Решение фазовой проблемы на основе анализа связности
Полные тексты статей
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L. & Urzhumtsev, A.G. (2000). "Connectivity
properties of high-density regions and ab initio phasing at low resolution".
Acta Cryst., A56, 375-382.
- Lunina N., Lunin V.Y. & Urzhumtsev A. (2003). "Connectivity-based ab-initio phasing: from low resolution to a secondary structure". Acta Cryst. D59, 1702-1715.
- Fokine A., Lunina N., Lunin V. & Urzhumtsev A. (2003). "Connectivity-based ab-initio phasing at different solvent levels" . Acta Cryst. D59, 850-858.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Ritter, S., Frey, I., Berg, A., Diderichs, K.,
Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Baumstark M.W. (2001). "Low-resolution data
analysis for low-density lipoprotein particle". Acta Cryst., D57,
108-121.
- A. Fokine A., Morales R., Contreras-Martel C., Carpentier P., Renault F., Rochu D. & Chabriere E. (2003). "Direct phasing at low resolution of a protein copurified with human paraoxonase (PON1)". Acta Cryst. D59, 2083-2087.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Petrova, T.E., Skovoroda, T.P., Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (2000). "Low-resolution ab initio phasing: problems and advances". Acta Cryst. D56, 1223-1232.
- Lunin V.Y., Lunina N., Podjarny A., Bockmayr A. & Urzhumtsev A. "Ab initio phasing starting from low resolution". Z.Kristallogr. (2002). 217, 668-685.
- Urzhumtsev, A.G., Lunina, N.L., Skovoroda, T.P., Podjarny, A.D. & Lunin,
V.Y. (2000). "Density constraints and low-resolution phasing". Acta
Cryst., D56, 1233-1244.
|